一、黄河上游特有鱼类国家级水产资源保护区。黄河上游特有鱼类国家级水产种质资源保护区总面积为13289公顷，其中核心区7501公顷，试验区5788公顷。核心区特别保护期为4-8月。保护区位于甘肃、四川、青海省境内黄河干流及其支流黑河、白河、泽曲河部分河段，范围在东经100°48′34″-103°09′55″,北纬33°11′14″-34°54′13″之间。黄河干流部分从甘肃省玛曲县阿孜扣哈入河口（101°53′50″E,33°31′00″N）起，向东经玛曲县齐哈玛畅隆（齐哈玛吊桥），向北经玛曲县的河曲马场，再折向西经玛曲县欧拉乡安茂村、青海省河南县多送乡河口，至宁木特乡（100°48′34″E，34°41′35″N）止，全长471.5公里。支流白河从四川省若尔盖县的唐克乡一大队（102°35′24″E，33°11′14″N）至白河入黄河口处（102°27′07″E，33°28′07″N），长41公里。支流黑河从四川若尔盖县包座牧场（103°09′55″E，33°28′01″N），向东经嫩哇乡政府至黑河入黄河口处（102°08′17″E，33°58′16″N），长352公里。支流泽曲河从青海省河南县的苏孚迪日山（101°37′13″E,34°54′13″N）,向南经河南县宁木特乡宁木塔村至宁木特乡入黄河河口处（101°08′22″E，34°29′04″N），长135公里。其中，核心区4段：第一段从畅隆（101°55′55″E，33°26′45″N）到桑盖通瓦若（102°02′10″E，33°57′35″N）；第二段从黑河入黄河口（102°08′17″E，33°58′16″N）到嫩哇乡政府（102°36′50″E，33°51′36″N）；第三段从西科河入河口（101°13′54″E，34°17′50″N）到额玛河入河口（101°03′19″E,34°30′47″N）;第四段从泽曲河入河口（101°08′22″E,34°29′04″N）到宁木塔村（101°20′09″E，34°35′28″N）。试验区6段，位于保护区核心区以外的河段。保护区主要保护拟鲶高原鳅、厚唇重唇鱼、扁咽齿鱼、花斑裸鲤、黄河裸裂尻鱼、骨唇黄河鱼和黄河高原鳅的产卵场、索饵场和越冬场。 二、大通江河岩原鲤国家级水产种质资源保护区。大通江河岩原鲤国家级水产种质资源保护区总面积为979.5公顷，其中核心区面积为700公顷，实验区面积为279.5公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于四川省通江县大通江河兴隆乡浴溪村二社九浴溪大桥至永安镇碧溪七村一社碧溪水文站、支流月滩河瓦室镇长胜大桥至瓦室镇长胜四村一社石洞口之间。范围在东经107°14′—107°20′，北纬32°05′—32°12′之间。保护区河流全长28公里。其中碧溪水文站—瓦室镇一村一社青滩为实验区，长8公里；其余河段为核心区，长20公里。其东岸是浴溪乡浴池岭村，瓦室镇雨花村、桂花村、钟林村、笔架村，烟溪乡烟溪沟村、向家营村，永安镇碧溪村。西岸是瓦室镇南跃村、岗岭村、九龙村，烟溪乡罗张窝村。主要保护对象为岩原鲤、中华鳖、华鲮等。 三、郪江黄颡鱼国家级水产种质资源保护区。郪江黄颡鱼国家级水产种质资源保护区总面积520公顷，其中核心区面积400公顷,实验区面积120公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于四川省遂宁市大英县的郪江江段，四川盆地东中部腹心地带，范围在东经105°10′01"—105°26′41"，北纬30°37′36"—32°42′30"之间，全长65公里，从起点到终点依次经过：象山镇—蓬莱镇—隆盛镇—回马镇。核心区位于郪江象山镇凤阳村—蓬莱镇火井村和隆盛镇黄腊溪村—郪江末端（回马镇双江社区），范围在东经105°10′01"—105°12′31"，北纬30°27′16"—32°42′30"之间和东经105°18′01"—105°26′41"，北纬30°37′36"—32°12′10"之间，长50公里。实验区位于蓬莱镇火井村—隆盛镇黄腊溪村，范围在东经105°12′31"—105°18′01"，北纬30°27′16"—32°12′10"之间，长15公里。主要保护对象为黄颡鱼、鳜鱼、中华鳖，栖息的其他物种有大口鲶、乌鳢、鲫鱼等。 四、渠江黄颡鱼白甲鱼国家级水产种质资源保护区。渠江黄颡鱼白甲鱼国家级水产种质资源保护区总面积1299.3公顷,其中核心区面积383.8公顷,实验区面积915.5公顷。核心区特别保护期为全年。保护区全长65公里，位于四川省广安市广安区境内，范围在东经106°32′—107°03′和北纬30°18′—30°50′之间。其中核心区位于肖溪镇南溪村—白马乡洪江村，长19.2公里。实验区位于肖溪镇勤劳村—肖溪镇南溪村（实验区第一段）和白马乡洪江村—大龙乡光华村（实验区第二段），全长45.8公里。主要保护对象为黄颡鱼、白甲鱼，栖息的其他物种包括长薄鳅、大鳍鱯、长春鳊、岩原鲤、中华倒刺鲃、南方大口鲶、鳜鱼、细鳞斜颌鲴、华鲮、翘嘴红鲌、乌鳢、鲤、鲫等。 五、嘉陵江岩原鲤中华倒刺鲃国家级水产种质资源保护区。嘉陵江岩原鲤中华倒刺鲃国家级水产种质资源保护区总面积1400公倾，其中核心区面积600公顷，实验区面积800公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于四川省广安市武胜县境内的嘉陵江秀观音至下观音沟段，全长35公里，范围在东经105°20′—106°16′，北纬30°15′—30°21′之间，其东岸是：旧县—中心—真静—铜鼓沱，西岸是：中心—清平—南溪—下观音。核心区位于青滩嘴至何家溪段，长15公里，范围在东经105°47′15″—106°12′35″，北纬30°17′59″—30°20′19″之间。实验区分为两段，第一段位于秀观音至青滩嘴段，长15公里，范围在东经105°20′05″—105°47′15″，北纬30°15′07″—30°17′59″之间；第二段位于何家溪段至下观音沟段，长5公里，范围在东经106°12′35″—106°16′00，北纬30°20′19″—30°20′59″之间。主要保护对象为岩原鲤、中华倒刺鲃，其他保护物种包括胭脂鱼、白甲鱼、大口鲶、黄颡鱼、鲤等。 六、梓江国家级水产种质资源保护区。梓江国家级水产种质资源保护区总面积800公顷，其中核心区面积420公顷，实验区面积380公顷。特别保护期为全年。保护区地处四川省绵阳市盐亭县的梓江河段，范围在东经105°12′50″—105°19′10″，北纬31°15′50″—31°25′18″之间。保护区流经安家镇安家小河子-毛公乡章邦大桥-两河镇新民村，全长55km。其中安家小河子-章邦大桥为核心区，长38 km，核心区范围为10个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域，拐点坐标分别为安家镇安乐村（105°14′30"E，31°25′18"N）—安家镇裕荣村（105°12′50"E，31°22′4"N）—柏梓镇川石村（105°15′10"E，31°19′54"N）—柏梓镇镇江村（105°16′8"E，31°19′35"N）—柏梓镇麟亭村（105°17′25"E，31°18′18"N）—柏梓镇石船村（105°14′5"E，31°18′48"N）—毛公乡觉灵村（105°17′15"E，31°16′56"N）—毛公乡群乐村（105°17′58"E，31°15′36"N）—毛公乡高渠村（105°15′15"E，31°15′14"N）—毛公乡石宝村（105°18′10"E，31°14′54"N）；章邦大桥—两河新民村为实验区，长17 公里，实验区范围为6个拐点沿河道方向顺次连线所围的水域，拐点坐标分别为毛公乡解放村（105°18′45"E，31°15′10"N）—两河镇高团村（105°18′5"E，31°18′27"N）—两河镇五一村（105°12′57"E，31°17′20"N）—两河镇林场村（105°17′5"E，31°12′10"N）—两河镇白虎村（105°18′3"E，31°12′18"N）—两河镇新民村（105°19′10"E，31°11′50"N）。主要保护对象为鳜、黄颡鱼、中华倒刺鲃，其它保护对象包括翘嘴鲌、乌鳢、细鳞斜颌鲴、鲤、鲫等。 七、仪陇河特有鱼类国家级水产种质资源保护区。仪陇河特有鱼类国家级水产种质资源保护区总面积977公顷，其中核心区面积587公顷，实验区面积390公顷。特别保护期为全年。保护区位于四川省仪陇县仪陇河铜鼓乡严家村五社桥、五福镇笋店村桥至双胜镇钟鸣村龙岗河桥之间。范围在东经106°24′40"—106°26′07"，北纬31°19′40"—31°25′47"之间。保护区河流全长51公里。核心区为赛金镇潮水坝村桥（106°24′40"E、31°23′05"N）至双胜镇钟鸣村龙岗河桥（106°26′07"E、31°19′40"N），长28公里。其东岸是铜鼓乡五通嘴村，五福镇黄家村、笋壳店村，赛金镇雷家坝村、芝兰坝村、灯台山村、干坝子村、龙背梁村、潮水坝村，双胜镇王家庄村、玉龙村、白鹤村、龙王庙村、金狮村；西岸是铜鼓乡严家桥村、常家营村、响滩子村、金锅场村，赛金镇五佛寺村、高家坝村、杨二坝村、石梁子村，双胜镇新民村、火红村、黄连坝村、任家庵村、竞赛村、钟鸣村。实验区为铜鼓乡严家村五社桥（106°25′25"E、31°25′47"N）、五福镇笋店村桥（106°24′50"E、31°24′58"N）至赛金镇潮水坝村桥（106°24′40"E、31°23′05"N），长23公里。主要保护对象为中华鳖、乌龟，其他保护对象为南方大口鲶、鳜、黄颡鱼、乌鳢、鲤、鲫等。