天全河珍稀鱼类省级自然保护区，于2003年4月四川省人民政府以“川府函[2003]96号”批准建立“天全河珍稀鱼类省级自然保护区”。2004年12月，四川省人民政府以“川府函[2004]273号”批准实施 “天全河珍稀鱼类省级自然保护区总体建设规划”。 2007年，因水电项目建设对保护区功能区边界进行了局部调整， 2009年至2010年经组织专家对保护区进行调查， 2010年四川省水产局以“川渔[2010]146号”对保护区的功能区划再次进行了调整。

调整后的天全河珍稀鱼类省级自然保护区位于雅安市天全县天全河，范围在东经102°36′—102°16′、北纬29°49′30″—30°20′之间。保护区从紫石乡境内的螃海腔开始，到两路河的白茶坪和门坎河的源头，并包括此段河道中的多条支流，河流总长114.61km，面积3618.6 hm²。主要保护对象为：国家二级保护动物川陕哲罗鲑、大鲵、水獭，省重点保护动物青石爬鮡、天全鮡、重口裂腹鱼、鲈鲤等。其中：

核心区为：前碉沟段13.9km，门坎河从源头向下游方向8km和两路口下游1.5km起向下至水獭坪方向4.99km，大渔溪左源至两河口以上10.9km。核心区全长37.79 km，面积1072.29kh²。

缓冲区为：大渔溪庙坪至两河口段4.2km，门坎河源头8km起向下游方向共2.5km、两路口向上游门坎河方向3 km和向下至水獭坪方向1.5km共4.5km不变，前碉沟口0.5km至4km处共3.5km。缓冲区全长14.7km，面积共285.67kh²。