恩阳河中华鳖国家级水产种质资源保护区总面积856公顷，其中核心区面积560公顷，实验区面积296公顷。特别保护期为全年。保护区范围为东经106°39′50″-106°46′29″，北纬31°39′44″-31°46′16″之间。保护区位于四川省巴中市恩阳河恩阳镇圆窝子-石城乡大石坝-三江镇鳌溪河口及其支流鳌溪河玉山镇柳树坝-石城乡黑窝子-三江镇鳌溪河口，全长45km。其中核心区包括2段，核心区1长19km，面积380公顷，起点坐标为恩阳河石城乡大石坝（106°41' 34"E，31°45' 33"N），终点坐标为三江镇鳌溪河口（106°46′25"E， 31°45′00"N）；核心区2长10km，面积180公顷，起点坐标为支流鳌溪河石城乡黑窝子（106°43′46"E，31°43′29"N），终点坐标为鳌溪河口（106°46′25"E，31°45′00"N）。实验区包括2段，实验区1长4km，面积80公顷，起点坐标为恩阳河恩阳镇圆窝子（106°39′50"E，31°46′16"N），终点坐标为石城乡大石坝（31°45' 33"N，106°41' 34"E）；实验区2长12km，面积216公顷，起点坐标为支流鳌溪河玉山镇柳树坝（106°40′25"E，31°39′44"N），终点坐标为石城乡黑窝子（106°43′46"E，31°43′29"N）。主要保护对象为中华鳖、岩原鲤，其它保护物种包括乌龟、鳜、南方鲇、黄颡鱼、中华倒刺鲃、白甲鱼、华鲮、鲤、鲫等。