2002年9月16日，甘孜藏族自治州人民政府以“甘府函〔2002〕51号”批准建立“色曲河州级珍稀鱼类自然保护区”。2011年5月9日以“甘府函〔2011〕96号”对保护区进行了调整。

调整后色曲河州级珍稀鱼类自然保护区位于甘孜州色达县色曲河，东经100°14′20′′-100°27′11′′，北纬32°21′44″-32°7′58′′，河流总长82.1km，保护区总面积为481.7hm²。主要保护对象为珍稀水生动物大鲵、水獭、重口裂腹鱼、青石爬鮡，及经济鱼类齐口裂腹鱼、大渡裸裂尻鱼、麻柯河高原鳅、黄石爬鮡等。

核心区：色曲河干流洛若村至约若村长12.3km；支流日清沟口至察吾20.2km。全长32.5km，面积145.6hm²。

缓冲区：洛若乡至洛若村4.8km；约若村至姑咱村5.5km；甲郎沟的下修它村至甲郎沟沟口14km；色曲河洛若村右岸支流东青村至沟口5.3km。全长29.6km，面积173.1hm²。

实验区：洞卡寺至幸福村15km，洞卡寺处右岸支流沟口至沟内5km。全长20km，面积163hm²。